基地似乎处于低功耗运行状态，守卫很少，且大多是自动化防御炮台，被“深渊号”搭载的电子战系统轻易瘫痪。
小队深入核心区域，发现了一个类似指挥中心的大厅。大厅中央，一个巨大的全息星图正在缓慢旋转，显示着复杂的维度坐标和能量流向图。星图旁，几个身着“苍穹动力”制服、但面容憔悴、眼中充满疲惫与偏执的研究人员，正在争论着什么。
“……召唤失败，坐标被干扰，指向了乱流区！”
“一定是‘园丁’或者那个‘旅人’干的！我们暴露了！”
“主基地被毁，资源所剩无几……‘归航信号’计划彻底失败了……”
“不！还有机会！我们还有‘种子’！只要启动‘最终方案’，把‘种子’播撒出去，就算我们死了，也能让‘园丁’付出代价！”
岩牙小队隐蔽在暗处，监听着。他们口中的“种子”和“最终方案”，令人不安。
突然，基地警报凄厉响起！不是发现了岩牙小队，而是基地外部监测到高速接近的水下物体——是学院派来搜寻风痕的、搭载水下机甲的大型母舰！母舰的主动声呐扫描，意外触发了这个隐蔽基地的深层警报！
“敌袭！启动最终防御！销毁所有数据！准备执行‘最终方案’！”研究人员惊慌失措，开始疯**作控制台。
岩牙当机立断：“阻止他们！夺取数据！快！”
战斗在深海基地爆发。研究人员的抵抗微弱，但他们的自毁程序启动迅速。大量数据存储核心在高温中熔毁。岩牙小队拼死抢下了几块未完全损坏的移动存储器和一台还在运行中的便携终端。
就在他们试图撤离时，那个主张“最终方案”的研究员，狞笑着按下了控制台最后一个红色按钮。
“一起……埋葬吧！‘种子’……会发芽的！”
整个海底基地开始剧烈震动，内部结构崩解，同时，基地深处某个封闭的舱室打开，数十个拳头大小、表面布满血管状纹路的金属球体，被高压水流喷射而出，朝着不同方向的海洋深处喷射而去！
“那是什么？！”队员惊呼。
“不知道！但肯定不是好东西！记录发射轨迹！我们撤！”岩牙吼道，带领小队在基地彻底坍塌前，冲出了洞口。
“深渊号”迅速上浮，身后，海底山脉在沉闷的轰鸣中崩塌，激起巨大的泥沙云。
风痕飞船残骸，水下机甲探查。