通过偶尔为部分细胞植入由完美的数字模板打印出的全新 DNA，我们可以确保人体的自然生理过程使用的是无缺陷的 DNA，同时让纳米机器人清除突变的细胞或衰老的细胞。如果想要用全新的 DNA 替换原有 DNA，比如改变头发或眼睛的颜色相关基因，这一方法同样适用。当然，人们总会担心出现失控的纳米机器人，也就是发生突变的机器，而非突变的细胞。
自然常常为我们的设计带来灵感，却无法为我们提供详尽的蓝图。我们之所以会担心 “灰色粘质” 这类场景，是因为我们会联想到病毒或细胞的无节制复制。但对于功能单一的微型工厂，我们无需过度担心其失控问题 —— 如果这些工厂只能制造特定类型的机器人，无法制造出能对自身进行建造、维护或供能的机器人，就不会出现失控的情况。我们还可以借鉴自然界限制人体细胞生长的方式，为纳米技术设定相应的约束。
自然界为我们打造了多样化的生态系统，不同的有机体在其中共存、竞争、捕食。在纳米技术的生态系统中，也会有高度多样化的系统协同运作、彼此赋能。一些机器人可以充当 “侦察兵”，寻找各类问题，比如受损的基因、发动机壁或房屋上的微小裂缝；一些机器人可以充当 “资源收集者”，从被运送到指定地点或被人体摄入的封装建筑材料舱中收集原料；还有一些机器人可以负责回收或清除受损的材料。
系统中还会有专门的扫描机器人，它们与其他机器人协同工作，生成实时的 3D 地图，并由附近一台负责为所有机器人定位的微型机器人对这些地图进行整合。甚至还会有专门的机器人，其唯一的功能就是作为定位信标，为其他机器人的作业提供参考。还有的机器人可以充当 “燃料库”，以单糖、淀粉，甚至是碳 14 钻石电池这类先进能源的形式为其他机器人供能。
体型更大的机器人或许可以使用无线供电，而微波是我们首选的能量传输方式，但由于微波从定义上来说属于微观尺度的波，因此并不适合为纳米尺度的设备供能。我们可以建造由微波供能的制糖工厂，让小型机器人前往此处获取能量，或是让专门的机器人前往工厂取能后为其他机器人配送。在这一生态系统中，体型更大的机器人未必更智能，也未必处于层级顶端，每个机器人都为完成特定任务而设计，通常也只执行这一项任务。