徐辰负责设计实验方案,计算加样量和时间点;刘伟则负责具体的湿实验操作。
刘伟不愧是博五的“资深科研狗”,操作手法娴熟无比。
“质粒构建,Gibson组装体系,50度反应15分钟。”刘伟一边念叨着,一边用移液枪精准地吸取微量的DNA片段。他的手很稳,枪头悬停在离液面0.1毫米的地方,轻轻一压,液体便如丝般滑入。
“转化感受态细胞,冰浴30分钟,42度热激90秒,复苏1小时。”
……
然而,实验并不总是一帆风顺的。
第三天,第一批转化结果出来了。
“徐神,情况不对。”刘伟拿着培养皿,眉头紧锁,“这批菌落长得太慢了。按照你的设计,我们用的是弱启动子来压低PFK的表达量。但是现在看来,压得太狠了,菌体好像……快饿死了。”
徐辰接过培养皿,对着光看了看。确实,上面的菌落细小如针尖,几乎看不见。
“不应该啊。”徐辰调出模型数据,“根据奇异摄动理论的计算,35%的活性是临界点。只要高于这个值,糖酵解通量应该能维持基本的生存需求。”
“除非……”徐辰的目光突然变得锐利,“除非我们忽略了什么。”
他迅速打开电脑,重新检查了一遍那个庞大的微分方程组。
几分钟后,他猛地一拍大腿。
“大意了!我忽略了‘渗漏表达’!”
徐辰指着屏幕上的一行参数,有些懊恼地说道:“我用的这个启动子,虽然理论强度是弱的,但在大肠杆菌的实际环境中,它会有一定的基础渗漏。也就是说,即使我不加诱导剂,它也会偷偷地表达一点点酶。”
“而在我的模型里,我假设它是完美的开关。这就导致实际的酶活性比我计算的要高,反而触发了细胞的负反馈调节,把整个通路给锁死了。”
徐辰在心里狠狠地吐槽了自己一句:这就是数学家的傲慢啊。总以为世界是完美的球体,结果现实却是个坑坑洼洼的土豆。生物系统里的噪音,有时候比信号还大。
“那怎么办?重做?换个更严谨的启动子?”刘伟问道,手里已经准备去拿废液缸了。
“不,不用重做。”徐辰抬手拦住了他,眼神中闪过一丝疯狂的数据流,“既然它喜欢渗漏,那我们就把渗漏也算进去。给我十分钟,我修正一下边界条件。”
徐辰的