崇祯四年，马守应率军进入山西，编入王自用率领的“三十六营”，成为其中举足轻重的首领之一，与其他流寇势力相互呼应，转战各地，给明朝官军带来了极大的困扰。崇祯八年，他参与了河南荥阳大会，与李自成、张献忠等人并列，成为十三家流寇首领之一，势力达到顶峰。
此后，马守应率领麾下流寇，辗转征战于陕西、山西、河南、山东、四川、湖北、安徽、湖南等多个省份，所到之处，烧杀抢掠，无恶不作，势力极为强盛，成为明朝末年一股不可忽视的流寇力量。后来，他与贺一龙、贺锦、刘希尧、蔺养成等人率领的流寇合兵一处，组成“回革五营”，彼此配合，更是让官军防不胜防。如今，贺一龙已死，“回革五营”元气大伤，他自己也被逼进桐柏山中，陷入了粮尽援绝的绝境，却依旧不愿束手就擒，还在做着最后的挣扎。