参考崇祯二年愣额礼等人攻打皮岛的战役，当时清军就损失了一千余人。而崇祯十年的这场皮岛之战，清军投入的兵力更多、战斗持续的时间更长、战斗的惨烈程度也更高，因此清军的损失，恐怕要远远超过崇祯二年的那次战役。有历史学家推测，清军在这场战役中的伤亡人数，可能达到了数千人之多。
但无论清军的损失有多大，皮岛终究还是沦陷了。这座孤悬海外的军事据点，大明帝国最后一个能够牵制满清的军镇，最终还是落入了清军之手。皮岛的失守，对大明帝国来说，是一个沉重的打击。从此之后，清军入关再也没有了后顾之忧，可以毫无顾忌地调动全部兵力，对大明帝国展开全面进攻。