最终，皮岛明军一万余名将士，全部战没于这场惨烈的战斗之中。岛上的数万军民，也未能幸免于难，惨遭清军屠杀，整个皮岛沦为人间炼狱。在这场战役中，明军总兵金日观战死，这一点在各方史料中都有着明确的记载，并无异议。而皮岛总兵沈世魁的结局，则存在着不同的说法。
《明史纪事本末》中记载：“世魁即焚仓粟，携家登舟，走石城岛。”这一说法，与史实严重不符，可谓是大谬。事实上，沈世魁仅仅是将自己的家眷送往了石城岛，他本人则选择留在皮岛，继续与清军作战，最终被清军俘虏，因宁死不降而被杀害。这一史实，无论是满清方面的史料，还是朝鲜方面的史料，都可以证实。
《李朝实录》中对沈世魁的结局有着更为详细的记载：“都督使其妻子乘船避去而言曰：‘我则当死于此。’可知其以死自誓矣。”朝鲜国王在得知这一消息后，更是感慨道：“有逃生之路，而效死不去，中国可谓有人矣。”从这些记载中可以看出，沈世魁在送走妻子后，立即重新投入到了战斗之中，直到力竭被擒。面对清军的威逼利诱，他始终坚守气节，宁死不降，最终被清军斩首，用自己的生命诠释了大明军人的忠诚与风骨。
相较于明军的伤亡记载，满清方面的损失则难以准确统计。除了前文所列出的登岛作战阵亡名单外，还有大量的伤亡情况被刻意隐瞒。由于清人修史时往往忌讳提及自身的伤亡情况，导致具体的伤亡数字已经难以考证，只能从各方史料的只言片语中进行推测。
根据《清实录》的记载，在这场战役中，骸骨莫能辨识的阵亡人数有四十人，另外还有十二名中低层军官阵亡。这一数字，显然是经过刻意删减的，实际伤亡人数必然远远大于实录所记载的数字。根据相关档案记载，在第一阶段的战斗中，满洲八旗阵亡一百四十九人，其中包括护军参领二人、牛录章京三人、侍卫十五人、护军校一人、骁骑校一人、护军及披甲九十二人、旗人八人、包衣二十七人；蒙古八旗阵亡披甲人十二人；汉军阵亡二十七人，其中包括牛录章京一人、小拔什库五人、披甲人二十一人；三顺王所部汉军阵亡七十二人，其中包括梅勒章京、甲喇章京十人、披甲人六十二人。以上各项相加，清军的阵亡人数就达到了二百六十人。
但这并非清军的全部损失，因为在档案的末尾，还标注有“不写入