在这样的情况下，很多官员为了生存，只能铤而走险，选择贪污受贿。可朱元璋最憎恨的就是贪官污吏，他制定的残酷刑罚很快就派上了用场。朱元璋对待贪官的原则是“宁错不漏”，只要有一点嫌疑，就会从严从重处罚，甚至株连九族。因此，洪武年间出现了很多大规模的株连案件，比如“空印案”“郭桓案”等，每次都要处死数万人。这也成为了朱元璋后世名声不佳的重要原因。
其实，那些指责朱元璋的人，大多是古代的文人墨客（他们往往出身士绅家庭，利益受到了朱元璋政策的触动），或者是受满清时期抹黑宣传的影响。从老百姓的角度来看，朱元璋严惩贪官、打击士绅、减轻百姓负担的做法，是值得称赞的。