回溯郑芝龙与朝廷的渊源，自崇祯元年九月，他率部归顺福建巡抚熊文灿后，便离开了自己经营多年的海上根据地东番，转而坐镇福建沿海。当时，郑芝龙麾下已有三万部众，拥有大小船只上千艘，负责守备福建沿海，抵御海盗、倭寇以及西方殖民者的进攻。在随后的十几年里，郑芝龙率领船队经历了几场大规模的海战，凭借着出色的军事指挥才能，屡战屡胜，势力也随之得到了极大的发展。到后来，他已经拥有超过三千艘大小船只的庞大船队，成为名副其实的东南海域霸主。
郑家的海贸商队更是规模惊人，其贸易范围广泛覆盖东洋、南洋各地，包括大泥（今泰国北大年）、浡尼（今文莱）、占城、魍港（今台湾嘉义）、北港（今台湾台南）、大员（今台湾安平）、平户（今日本长崎平户市）、长崎、孟买（今印度孟买）、万丹（今印度尼西亚万丹）、旧港（今印度尼西亚巨港）、巴达维亚（今印度尼西亚雅加达）、马六甲（今马来西亚马六甲）、柬埔寨、暹罗等众多地区。据估算，郑芝龙在海上和陆地所掌握的兵力高达二十万，这支军队的组成也极为复杂，不仅有汉人，还包括日本人、朝鲜人、南岛语族、非洲黑人等各色人种，是一支真正的“多国部队”。
然而，令人遗憾的是，历史上的崇祯皇帝却完全忽视了郑芝龙及其势力的存在。准确地说，崇祯皇帝根本不相信郑芝龙会拥有如此强大的实力，因此从未想过要拉拢他为朝廷效力。如果当时崇祯皇帝能够意识到郑芝龙的重要性，主动与他建立良好的关系，让郑芝龙通过海路运输粮食，缓解内地的灾荒；或者在清军（当时称为建奴）进犯明朝边境时，命令郑芝龙派遣舰队从海上进攻清军的后方，牵制清军的兵力，那么清军绝对不敢如此随意地入关侵扰明朝边境。可惜的是，诸多的“如果”最终都未能成为现实，各种不利因素叠加在一起，最终导致了大明王朝的意外灭亡。
随着势力的越发庞大，郑芝龙在自己的老家福建