然而，郑芝龙受招安后，并未完全按照朝廷的期望行事。他表面上为朝廷效力，实则借着朝廷的名义，大肆铲除海盗中的异己势力。在短短数年时间里，郑芝龙率领部众先后平定了境内其他大小海盗团伙，逐渐掌控了福建沿海的海上霸权。与此同时，他还提出了“移民东番”（今台湾）的政策，表面上看，这一政策是为了安置失去产业的流民，施行仁政，实则是郑芝龙的“祸水东引”之计。将境内的流民送到东番这个蛮夷海岛，既能消除流民对朝廷统治的隐患，又能为自己开发东番、拓展势力范围奠定基础。
在坐镇福建泉州发展实力的同时，郑芝龙也积极着手开发东番。他组织流民前往东番开垦土地、发展农业，同时在东番建立据点，发展海上贸易。郑芝龙的这一系列举措，看似是为了推动东番的发展，实则有着更深层次的考量。他深知自己与朝廷之间的关系并非牢不可破，一旦将来与朝廷翻脸，东番便可成为自己的备用落脚点，为自己保留一条后路。
随着势力的不断壮大，郑芝龙逐渐称霸福建沿海。他一边以朝廷官员的身份打击海盗，维护沿海的“秩序”，一边却暗中包庇走私活动，将大明的海疆视为自己的“后花园”。郑芝龙利用自己的官身，公然进行走私贸易，将南洋、东洋的洋货运往内地，赚取巨额利润。更甚者，他还规定，过往的海船，无论其身份是海盗还是商人，都必须购买郑氏的旗号，才能在东南沿海海域安全通行，否则便会遭到他的船队的袭击。凭借着这一“过路费”制度与走私贸易，郑芝龙每年的收入可达千万两白银，然而，这些巨额财富，他却从未向朝廷缴纳过一厘一毫，全部纳入了自己的腰包。
不过，郑芝龙虽然在海上大肆敛财，却并未危害普通百姓。相反，他经常拿出一部分财富救济沿海的贫苦百姓，因此在百姓心中，他不仅不是一个贪得无厌的官员，反而成了一个体恤民情的“大善人”。实际上，郑芝龙收取“过路费”的对象，大多是江南地区的地主士绅、富商大贾以及各种利益集团的船只，还有尼德兰（荷兰）等西方殖民者的船只。对于普通百姓而言，他们根本没有资格拥有自己的海船出海贸易，自然也不会受到郑芝龙“过路费”制度的影响。