十月，张献忠率领叛军，先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江，向重庆方向进军。秦良玉和张令得知消息后，立即率领军队前往竹箘坪阻击。在战斗中，白杆兵将士们奋勇杀敌，挫败了叛军的前锋，暂时阻止了叛军的进攻。
可好景不长，张令在后续的战斗中不幸战死。秦良玉得知消息后，立即率军前往救援，却为时已晚。叛军趁机发动猛攻，秦良玉的军队寡不敌众，辗转作战多次，最终还是失败了，麾下的三万名士兵几乎全部战死。
秦良玉看着身边寥寥无几的残兵，心中悲痛欲绝，却依旧没有放弃。她单独求见邵捷春，建议道：“邵巡抚，如今叛军势大，我麾下的白杆兵虽损失惨重，但我还能调动二万溪峒的士兵。这些士兵个个骁勇善战，若能让他们参战，定能击破叛军。我愿承担一半的粮饷，剩下的一半还请官府支持。”
可邵捷春与杨嗣昌素有矛盾，又担心秦良玉的势力过大，再加上官府的仓库中早已没有现成的粮食，便拒绝了秦良玉的建议。秦良玉看着邵捷春冷漠的表情，心中充满了失望，只得叹息而归。
当时，摇天动、黄龙等十三家叛军在四川横行霸道，烧杀抢掠，百姓苦不堪言。更让秦良玉气愤的是，她的族人秦缵勋竟然背叛了大明，给叛军当了耳目，帮助叛军劫掠百姓。秦良玉得知此事后，立即派人将秦缵勋捉拿归案。可秦缵勋却趁狱卒不备，杀死狱卒，越狱逃跑了。
秦良玉怒不可遏，亲自率领军队四处搜寻。最终，她在一个山洞中找到了秦缵勋，并将他交给了官府处置。秦缵勋的手下也无一逃脱，全部被秦良玉抓获。此事传开后，百姓们对秦良玉更加敬佩，纷纷称赞她大义灭亲，忠勇可嘉。
崇祯十六年（1643年），张献忠率领叛军攻陷武昌，处死了楚王朱华奎，随后又率领大军再次进犯四川。秦良玉得知消息后，立即上呈全四川的形势图给四川巡抚陈士奇，建议他派兵坚守四川的十三个关隘。这些关隘地势险要，是抵御叛军的重要屏障。
可陈士奇却不以为然，认为秦良玉是小题大做，没有采纳她的建议。秦良玉不甘心，又找到了巡按刘之勃。刘之勃虽然同意秦良玉的计策，却无奈手中无兵可派。四川的精锐部队早已被杨嗣昌调走，剩下的士兵多是老弱残兵，根本无法抵挡叛军的进攻。
崇祯十七年（1644