就在秦翼明赋闲在家之际，四川的局势也变得紧张起来。崇祯七年（1634年），张献忠率领叛军攻陷了川东重镇夔州（今重庆市奉节县），随后又率军向石柱方向进军。秦良玉得知消息后，立即率领白杆兵前往阻击。
张献忠深知白杆兵的战斗力，也知道秦良玉的厉害。他见秦良玉率军前来，不敢与之交战，便下令撤军。秦良玉岂会放过这个机会，立即率领军队追击。此时，秦良玉的儿子马祥麟正好从外地率军回川，父子二人前后夹击，大败张献忠，迫使张献忠率领叛军退往湖广。后来，张献忠在朝廷的招降下，暂时接受了招安，四川的局势才暂时稳定下来。
可好景不长，崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才，再次起兵造反。罗汝才率先率军攻打夔州，秦良玉接到消息后，立即率领白杆兵前往救援。罗汝才听说秦良玉来了，吓得不战而走。秦良玉率领军队紧追不舍，一直追到马家寨，终于追上了罗汝才的叛军。
秦良玉亲自擂鼓，白杆兵将士们奋勇冲锋，与叛军展开激战。叛军抵挡不住，纷纷溃逃。此役，秦良玉率军斩杀叛军六百余人，大获全胜。随后，她又率领军队继续追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破叛军，还斩杀了叛军首领东山虎，活捉了副塌天。叛军将领惠登相、王光恩见大势已去，只得率军投降。秦良玉还夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才的叛军从此一蹶不振，逐渐走向衰落。
同年，杨嗣昌自请为督师，率军入川剿贼。杨嗣昌主张“驱贼入川”的战略，他认为四川地势险要，易守难攻，只要将叛军引入四川，就能将其一举歼灭。为了实现这个战略，杨嗣昌将四川的精锐部队调离，前往湖广等地，只留下四川巡抚邵捷春率领二万老弱残兵驻守重庆。
邵捷春手中的兵力本就薄弱，能依靠的将领只有张令和秦良玉。可邵捷春却缺乏军事才能，他不懂得抢占险要地形，只是消极防守，让秦良玉率领军队在重庆附近三四十里处设防，又派遣张令驻守黄泥洼。
秦良玉得知邵捷春的布防后，心中十分焦急。她找到已经辞官的绵州（今四川省绵阳市）知州陆逊之，感叹道：“邵巡抚如此布防，简直是自取灭亡！重庆附近的地形平坦，无险可守，叛军一旦来袭，我们根本无法抵挡。我身为大明将领，岂能与他一同战死，让叛军轻易占领四川！”
陆逊之听后，也十分担忧，却也无可奈何。他早已辞官，无权干涉军政。不久后，邵捷春将军营移至大昌，监军万元吉