作为王朝核心决策机构的军机处，自雍正年间设立伊始，便被烙上了“跪受笔录”的宿命。每日清晨，军机大臣们身着官袍，躬身入宫，在皇帝或太后的御座前双膝跪地，凝神聆听旨意，而后提笔工整记录，再将旨意传达到各中枢部门与地方行省，严格执行，不得有半分偏差。他们没有否决权，没有进谏的底气，甚至连质疑旨意合理性的资格都没有，不过是皇权延伸的手足，是统治者手中的笔墨纸砚，召之即来，挥之即去。即便是领班军机大臣，面对至高无上的皇权，也只能俯首帖耳、唯唯诺诺，不敢有丝毫僭越。
内阁则更显尴尬，看似是文职官员的最高机构，掌天下文治，实则早已沦为形同虚设的办事衙门。其职责仅限于处理日常例行公事：草拟无关紧要的文书、核对官员履历、转发地方奏折、整理归档典籍，诸如此类，皆是无足轻重的杂务。对于皇帝或太后下达的圣旨，内阁无权封驳，无权修改，甚至无权提出半句异议，只能照章宣发、督促执行。相较于明代内阁拥有的票拟权——可对皇帝旨意提出修改建议、甚至驳回，清代内阁的权力被压缩到了极致，不过是皇权统治下一个可有可无的附属品，撑不起半点制衡皇权的分量。
更不必说议政王大臣会议这一曾经左右王朝走向的核心机构。自康熙年间起，这一由宗室王公、满洲勋贵组成的决策团体便开始被逐步削弱，权力不断被皇权侵蚀；到乾隆年间，更是被彻底撤销，此后百年，大清再也没有出现过任何能与皇权抗衡的集体决策机构。宗室王公虽顶着尊贵的爵位，享受着丰厚的俸禄，却无半点实权，只能在朝堂上充数，作为皇权的点缀，看似风光，实则沦为摆设。
是以，从法理层面而言，设立御药局之事，无需繁琐的程序，无需议会审议，无需内阁同意，甚至无需征询任何大臣的意见——只要皇帝或太后一言九鼎，下一道圣旨，便可凭空设立任何机构，包括这引发轩然大波的御药局。皇权的意志，便是大清最高的法律，无人敢违，也无人能违。
但法理归法理，现实归现实。此刻，手握实权的慈禧太后，却迟迟未下决断，并非无法可依，更非被祖制所困——祖制从来不是束缚她的枷锁，而是她用来制衡光绪、巩固权位的重要工具。她刻意搬出祖制，联合中枢官僚集团中依附自己的势力，共同反对设立光绪直辖的御药局，本质上是借祖制之名，行打压光绪之实，阻止光绪借御