这种病毒在1967年秋，西德马尔堡、法兰克福和南斯拉夫贝尔格莱德的几所医学实验室的工作人员中暴，一种严重出血热，有31人病，其中7人死亡，病症亦因此而以该地命名。
在八十年代，美军曾经和一些病毒专家合作，培养出了马尔堡病毒的变种病毒。意在展病毒武器，这种病毒在当时被证明是一种传染性极强的病毒，症状越重的患者传染性越强。
当时这个计划被在美国军方称为马尔堡变异病毒代号——f9。而这个项目的代号为狄俄尼索斯项目，是冷战时军备竞赛的遗留产物，在九十年代冷战结束之后，军方对这种病毒的热情逐渐消退，加上研究费用太过高昂，这个项目最后被放弃。
这个计划的一切都被列入高度机密封存。