就在李世民危在旦夕之际，朝中正直重臣、侍中陈叔达挺身而出，当庭直言进谏，竭力保全秦王：“秦王平定四方叛乱、奠定大唐基业，功盖天下、恩泽四海，社稷大半皆是其一手打下来的，断然不可随意废黜、惩处！
况且秦王性情刚烈忠直，傲骨铮铮，绝非忍辱受屈之人。若是陛下无端折辱、贬斥功臣皇子，使其心怀冤屈、郁结愤怒，一旦忧愤成疾、身遭不测，到那时陛下纵然追悔莫及，也已然于事无补！”
一番恳切忠言，句句切中要害。李渊听罢，心中猛然醒悟，念及李世民赫赫战功与父子骨肉之情，终究心生疼惜，压下了心中的怒火与惩处的念头，暂时保全了李世民。
可李元吉依旧不肯善罢甘休，一心想要彻底除去李世民这个心腹大患。他屡次暗中单独觐见李渊，肆意构陷，直言李世民野心勃勃、蓄谋已久，迟早必定起兵谋反，屡次恳请李渊痛下杀手，直接诛杀李世民，永绝后患。
李渊神色犹疑，连连摇头，顾虑深重地说道：“世民有平定海内、开国定鼎的盖世大功，朝野皆知、天下共睹。如今他并无确凿谋逆罪状，罪名不显、过错无实，朕又凭什么借口诛杀有功皇子、朝廷藩王？何以服天下人心？”
李元吉闻言，立刻应声辩驳，强行罗织罪证：“秦王昔日平定洛阳王世充之时，手握重兵驻足东都，迟迟不肯奉旨班师回朝，暗中观望天下形势、培植个人势力。又大肆散发府库钱财丝帛，私自笼络官员、收买人心，树立私人恩德、积蓄党羽。
再者，他多次自作主张、违逆陛下敕命，目无君父、擅权行事，这一桩桩、一件件，难道不是谋逆之心的佐证！想要杀他，何须刻意寻找借口，当机立断诛杀，方能杜绝后患！”
纵然李元吉百般撺掇、极力劝说，李渊依旧心存深重顾虑，始终没有应允。李渊心中心知肚明，李世民常年征战，一手打下大唐半壁江山，军中大半开国武将、边关将帅皆感念其恩德、归心于他，秦府更是人才济济、军心固结。
若是自己贸然无由诛杀功勋赫赫的秦王，必定会震动整个军方，激起武将集团集体不满，甚至引发兵变叛乱、朝野动荡。彼时天下初定，根基未稳，他尚未完全掌控军方势力、制衡各路功臣，根本无力收拾残局。
正因如此，李渊内心深处，其实一直深深忌惮李世民扎根军中、根深蒂固的威望与实力，畏惧