为了解决这个难题，成化年间，朝廷甚至调动九万余人重修通惠河，但因上游缺水再次废弃。
到了嘉靖六年，御史吴仲力排众议，上奏力主重开通惠河，次年二月开工，五月竣工。
吴仲的方案是因水制宜，放弃元代故道，只保留五闸二坝，就是在在河道上修建了大通桥闸、庆丰闸、平津上闸、平津下闸、普济闸这五道水闸，分段蓄水，分段航行。
粮食等物资运到通州后，先在石坝卸载，由人夫搬运到小型的驳船上，再通过水闸逐级递运至北京城下。
通航当年，大通河转运漕粮近两百万石，节省运费十一万两白银。
虽然依旧不如当年河水丰盈时的速度，但也做到了朝发夕至，时间上是走陆路的三分之一、运输量是陆路的五六倍，成本是陆路的三分之一左右。
但这只能保障粮食的运转，民船、商船基本无法通行。
“随着大明国力的日益强盛，北京城和周边人口会增加，这就需要大量的物资抵运北京，