建武三年（公元27年），中原战局初定，刘秀将目光投向了盘踞荆襄的割据势力秦丰。秦丰自王莽末年起兵，占据南郡、江夏等地，拥兵数万，成为东汉南下的首要障碍。为平定这一隐患，刘秀正式拜傅俊为积弩将军——此官职专为精锐弩兵部队设立，足见刘秀对傅俊军事能力的信任与对此次南征的重视。同时，他命征南大将军岑彭为主帅，二人统领汉军主力，水陆并进，直指荆襄腹地。
岑彭善用兵法，傅俊勇冠三军，二人配合默契：岑彭以大军正面牵制秦丰主力，傅俊则率积弩兵迂回侧后，凭借强弩的远程杀伤力瓦解敌军阵型。经过数月激战，汉军先后攻克秦丰所据的邓县、新野等地，最终在黎丘将其主力围困。秦丰负隅顽抗，却难敌汉军攻势，最终兵败投降，荆襄之地尽数归入东汉版图。
平定荆襄后，刘秀并未停歇，随即命傅俊率部挥师江东。当时的扬州（今江浙、安徽一带）为地方豪强所控，各势力互不统属，却均对东汉政权心存戒备。傅俊深知江东水网密布，不宜大规模陆战，遂采取“先抚后剿”之策：对愿意归附的豪强予以安抚，保留其部分权力；对拒不投降的势力，则以水军顺江而下，逐个击破。短短半年间，傅俊连下会稽、吴郡、豫章等郡，彻底平定扬州。经此一役，傅俊因功跻身东汉开国元勋之列，东南半壁江山也成为刘秀稳固的后方。
建武四年（公元28年）八月，刘秀亲率大军进驻寿春（今安徽寿县）。寿春地处江淮要冲，既是中原通往江东的咽喉，也是威慑淮南割据势力的战略支点。刘秀在此设立临时行营，一方面安抚新归附的扬州百姓，推行轻徭薄赋之策以稳定民心；另一方面则召集诸将议事，制定下一步讨伐南方割据势力田戎的计划。此时的东汉政权，已不再是偏安河北的小朝廷，而是掌控中原、东南的强大势力，统一全国的蓝图逐渐清晰。
建武五年（公元29年）春，刘秀下诏，命岑彭、傅俊再度联袂出征，讨伐盘踞在南郡（今湖北荆州一带）的田戎。田戎原是绿林军余部，后趁乱割据南郡，控制长江航道，时常袭扰东汉边境。三月，岑彭、傅俊率军抵达南