祖丁继位后，延续了先王的都城选择，以庇地（今河北邢台广宗县）为统治中心。庇地自祖乙时期成为都城以来，经过祖辛、沃甲两代君主的经营，已发展为商朝最繁荣的城市：城内不仅有规模宏大的王宫、宗庙与社稷坛，还形成了功能明确的手工业作坊区（青铜铸造、制陶、纺织等）与集市；城外周边农田水利设施完善，土地肥沃，是商朝的粮食主产区；同时，庇地地处华北平原腹地，交通便利，便于与周边诸侯联络。对祖丁而言，定都庇地既是对先王政策的延续，也是基于现实的选择——此时商朝内部动荡初现，维持都城稳定，有助于减少统治阻力。
关于祖丁的在位年限，史料记载存在巨大差异：《今本竹书纪年》明确称其“在位三十二年”，而部分后世文献（如《通志·三王纪》）则认为其“在位九年”。现代史学研究结合甲骨文卜辞的“年祀”记录（卜辞中提及祖丁时期的祭祀活动最多延续至“九年”），更倾向于“九年说”——推测《今本竹书纪年》的“三十二年”可能是将祖丁与后续君主的统治年限混淆所致。无论具体年限如何，祖丁的统治始终处于“九世之乱”的深化阶段，王朝的内忧外患日益加剧。
祖丁统治时期，商朝最大的危机来自“王族内部的权力分裂”。“九世之乱”的核心矛盾——“父死子继”与“兄终弟及”两种继承制度的冲突，在祖丁时期彻底爆发。沃甲去世后，部分贵族支持“兄终弟及”，主张由沃甲之子（祖丁的堂弟南庚）继位；而祖丁凭借祖辛嫡子的身份，在另一派贵族（尤其是祖辛旧部）的支持下登上王位，这使得王族内部形成了“祖丁派”与“南庚派”两大对立势力。两派势力在朝堂上相互掣肘：“南庚派”贵族拒绝执行祖丁的政令，甚至故意拖延贡赋征收与军队调遣；“祖丁派”贵族则为巩固权力，频繁打压