祖乙继位时，商朝虽经河亶甲的治理缓解了外患，但内部隐患仍未根除——新都相地（今河南内黄）地处黄河下游，频繁的黄河水患成为威胁都城安全的最大隐患。黄河作为华夏文明的“母亲河”，在孕育农业文明的同时，也因上游水土流失严重、下游河道淤积，时常发生决堤洪水。据甲骨文卜辞记载，河亶甲统治后期，相地就曾遭遇两次小规模洪水，冲毁了部分农田与民居；祖乙继位当年（祖乙元年，公元前1317年），黄河流域遭遇罕见暴雨，导致大规模洪水泛滥，相地的城墙被冲垮，王宫宗庙的部分建筑浸泡在洪水中，百姓被迫逃往高地避难，粮食仓库被淹，都城秩序陷入混乱。
面对这场“开局危机”，祖乙迅速召集大臣商议对策。此时，贤臣巫贤的建议成为破局的关键。巫贤是商朝名臣巫咸之子，继承了其父“通天文、知地理”的才能，且在河亶甲时期就曾参与迁都相地的规划，对地理环境有着深刻认知。他向祖乙进言：“相地濒河，水患不息，若久居于此，民不安居，国无宁日。当择高阜之地，迁建新都，方为长久之计。”巫贤的建议精准切中要害——相地地势低洼，黄河水患难以根治，唯有迁都才能从根本上解决问题。
祖乙深知迁都事关王朝安危，虽面临“刚继位即迁都”的舆论压力，但仍展现出君主的远见与决断力，当即采纳巫贤的建议，下令筹备迁都。为选择合适的新都地址，祖乙派遣巫贤率领勘察团队，沿黄河流域西行考察，最终选定耿地（今山西河津）。耿地位于黄河中游东岸，地势较高，且远离黄河主河道，水患风险远低于相地；同时，耿地地处商朝西部与北部疆域的交汇处，便于管控西部羌部落与北部游牧部落，兼具地理安全与军事战略优势。
迁都耿地的工程于祖乙元年秋冬之际启动。祖乙制定了“分批迁移、保障民生”的策略：首先组织军队与工匠前往耿地，修建临时