沃丁继位时，商朝虽经太甲中兴重回稳定轨道，但仍面临两大核心挑战：一是如何延续“中兴”局面，避免重蹈太甲前期失德的覆辙；二是如何平衡朝堂权力，尤其是处理与四朝元老伊尹的关系。对于前者，沃丁明确提出“守祖制、承贤政”的治国方针，将太甲后期制定的政策与商汤的祖制结合，形成稳定的施政框架；对于后者，沃丁展现出极高的政治智慧——他深知伊尹不仅是商朝开国功臣，更是辅佐太甲悔过、促成中兴的关键人物，其威望与能力足以稳定朝堂、震慑诸侯。因此，沃丁继位后第一时间便下诏，继续任命伊尹为相，保留其“辅政大臣”的核心权力，甚至在朝堂议事时，特意将伊尹的座位安排在自己身侧，以示尊重。
伊尹此时已年过八旬，虽年事已高，但仍坚守岗位，为沃丁提供治国指导。他时常与沃丁探讨“君道”，引用商汤、太甲的案例，告诫沃丁“君主之责，在恤民、在守法、在敬贤”；同时，他还亲自梳理商朝开国以来的典章制度，汇编成《伊尹典》，呈献给沃丁，作为施政参考。沃丁对伊尹的建议极为重视，不仅将《伊尹典》悬挂于寝宫，每日研读，还在实际治理中严格遵循——例如，在民生方面，他延续“什一而税”的轻赋政策，每逢春耕、秋收时节，都会亲自前往田间巡查，了解农作物长势，倾听农民诉求；在司法方面，他依据《伊尹典》中记载的商汤律法，修订了部分严苛条款，规定“非重罪不得施肉刑”，同时加强对地方司法官员的考核，防止冤假错案。
公元前1565年，伊尹病逝，这对沃丁而言是巨大的打击。沃丁得知消息后，当即下令停止朝政三日，以示哀悼，并召集文武大臣商议伊尹的葬礼规格。当时，有大臣提出“伊尹虽为贤相，但终究是臣子，应按诸侯之礼安葬”，但沃丁坚决反对，他动情地说：“伊尹历经商汤、外丙、仲壬、太甲、朕五朝，辅立四代君主，若没有伊尹，便没有商朝的今日，朕的王位也无从谈起。他的功绩