后来，叶方蔼、张玉书、徐乾学、王鸿绪等汉臣先后担任总纂，不过提到《明史》就不能不提赋予《明史》灵魂、以布衣身份参加修史的史学大家，万斯同。
万斯同生出崇祯年间的浙江鄞县，其父万泰坚守气节，拒绝出仕，亦是复社重要成员，后来万斯同拜在著名史学家、也是著名抗清隐士黄宗羲的门下，这样的家庭环境以及老师，对万斯同的影响无疑是巨大的，万斯同终其一生都极有民族气节。
康熙十七年，清廷因诏请黄宗羲修《明史》，被黄宗羲拒绝，朝中大臣便推举万斯同，万斯同也坚辞不就，后来大学士徐元文出任修《明史》总裁，再度荐他入史局。
黄宗羲觉得修《明史》，事关忠奸评判和子孙后世的大业，又担心清廷修史难免不公，故而动员徒弟万斯同赴京。
万斯同遵老师嘱咐，上京后他不署衔，不受俸，以布衣身份入史局，修《明史》，前后二十余年间，其核心作用与贡献堪比总纂官，故被后世尊为“布衣总编”。
在纂修工作中，万斯同无总裁之名而行总裁之实，史馆凡“建纲领，制条例，斟酌去取，讥正得失，悉付万斯同典掌”。
他制定了凡例，拟定了传目，并详细修改史稿，当时，参加纂修的官员有五六十人，他们把每篇初稿写成后．都送到万斯同处复审。
徐元文以后，大学士张玉书、陈廷敬、尚书王鸿绪相继担任纂修《明史》的总裁，仍延请万斯同继续修《明史》。
至康熙二十九年完成初稿，凡四百一十六卷，康熙三十三年应王鸿绪聘，修改列传稿，居京期间屡开讲席启导后学，学者尊称“万先生”。
居王鸿绪京邸期间，万斯同双目失明却仍坚持口授修史。