与此同时，在同一个机场，联合航空公司175号航班UA175，也正在准备起飞，同样前往洛杉矶。机上载有包括5名劫机者在内的56名乘客和9名机组人员。
在华盛顿杜勒斯国际机场，美国航空公司77号航班AA77正在等待起飞，目的地为洛杉矶。机上载有包括5名劫机者在内的58名乘客和6名机组人员。
在新泽西州纽瓦克国际机场，联合航空公司93号航班UA93，计划飞往旧金山。机上载有包括4名劫机者在内的37名乘客和7名机组人员。原计划是5名劫机者，缺少的人就是被遣返穆萨维。
这四组劫机者，几乎在同一时间，通过了安检，登上了各自的目标航班。
上午7:59，AA11航班从波士顿洛根国际机场32号跑道顺利起飞。
上午8:14，UA175航班从波士顿洛根国际机场9号跑道起飞。
上午8:20，AA77航班从华盛顿杜勒斯国际机场30号跑道起飞。
上午8:42，UA93航班因为机场要控制流量，因此晚点了四十分钟，才从纽瓦克国际机场4号跑道起飞。
也就是因为这次晚点，原本周密的计划出现了疏漏。
天空湛蓝，飞行最初阶段一切正常。
上午8:46左右，AA11航班飞行至纽约州北部空域时，劫机行动开始。
阿塔和奥马里以及其他几名在经济舱同伙突然发难。他们使用声称化学毒气的喷雾剂和藏匿的刀具，迅速控制了头等舱的乘客和试图反抗的空乘人员。
阿塔手持刀具，强行冲入驾驶舱，刺杀了机长和副驾驶，控制了飞机。
“我们掌控了飞机……都给我安静坐着不要动，飞机就不会有事。我们正在返回机场，请保持镇定。”阿塔用磕磕绊绊的英语通过机上广播系统说道，试图稳定乘客情绪。
随即关闭了飞机的应答器，并改变了航向。
飞机突然转向南下，朝着纽约市的方向飞去。
北美防空司令部（NORAD）的雷达操作员注意到了AA11航班应答器信号消失，并出现了异常转向。但此时，他们正在按照演习计划模拟应对来自北方的假想敌袭击，指挥系统出现了肯特所期望的混乱和延误，被判断为演习的内容。
上午8:51，一名受重伤的空乘人员通过机上电话偷偷联系到美航运营中心，急促地报