1937年12月13日，南京沦陷的同一天，南京安全区国际委员会正式成立，拉贝担任主席。安全区的边界插上了各国的旗帜，试图以此来抵御日军的侵犯。尽管前途未卜，随时可能面临日军的攻击，但拉贝和他的同伴们依然坚定地站在了保护难民的第一线，他们知道，从这一刻起，无数人的生命将寄托在他们身上。
拉贝，这位身材高大、面容坚毅的德国人，在安全区的运作中发挥了核心作用。他的住所成为了安全区的指挥中心，每天都有大量的难民涌入，寻求庇护。拉贝亲自组织人员维持秩序，安排难民的住宿和饮食。天还未亮，他就已经开始忙碌，协调各方事务；夜晚，当难民们都入睡后，他还在思考着如何解决第二天的物资问题。他不辞辛劳，日夜奔波在安全区内，处理各种事务，解决难民们的困难。
日军对安全区的侵犯从未停止。他们常常无视安全区的存在，强行闯入，肆意抓捕、屠杀难民，甚至对国际友人进行威胁和骚扰。有一次，一群日军闯入安全区，试图带走一批年轻的妇女。拉贝得知后，立刻放下手中的工作，心急如焚地赶到现场。他挺身而出，用自己的身体挡住日军的去路，愤怒地指责他们的暴行。他的眼神中透露出坚定和愤怒，声音洪亮地说道：“这里是安全区，是无辜百姓的避难所，你们不能在这里胡作非为！”日军被拉贝的气势所震慑，虽然心有不甘，但最终还是离开了。这样的场景在那段时间里频繁上演，拉贝凭借着自己的勇气和智慧，一次次地保护了难民的安全。
拉贝还利用自己德国人的身份，与日本军方进行周旋。他不断地向日本大使馆递交抗议信，揭露日军在南京的暴行，要求他们停止杀戮，尊重安全区的中立。在一封信中，拉贝详细地描述了日军的种种暴行：“你们的士兵在南京肆意屠杀平民，□□妇女，焚烧房屋。安全区里的人们都是无辜的，他们不应该受到这样的对待。我强烈要求你们立即制止这些暴行，还南京一个和平。”尽管日本军方对他的抗议常常置之不理，但拉贝从未放弃，他始终坚持为南京人民发声。
在物资极度匮乏的情况下，拉贝想尽办法为难民提供帮助。他亲自参与分发食物和药品，确保每一个难民都能得到基本的生活保障。分发食物时，他总是耐心地维持秩序，让老人和孩子先领取；发放药品时，他仔细地询问难民的病情，确保药品使用正确。他还组织人员为难民搭建临时住所，改善他们的居住条件。在寒冷的冬天，拉贝看到许多难民衣衫单薄，便发动国际友人捐赠衣物，