阿济格抵达前线后，立即接管了清军的指挥权。作为郡王级别的将领，他深知自己肩上的重担，也明白皇太极此次派他前来的用意。他仔细分析了前两波攻岛失利的原因，认为清军虽然在兵力和装备上占据优势，但明军凭借海岛地形和顽强斗志，成功抵消了清军的部分优势。为了打破僵局，阿济格重新调整了作战部署，加大了对皮岛海上防线的进攻力度。
在这一阶段的战斗中，清军的海上攻势愈发猛烈。尽管明军将士拼死抵抗，多次击退清军的进攻，但清军凭借压倒性的兵力优势，最终还是突破了皮岛明军的海上防线，俘获了明军大小战船七十二艘。海上防线的失守，让皮岛彻底暴露在清军的兵锋之下，清军随即展开了大规模的登陆作战。
然而，登陆作战的顺利程度，远超阿济格的预期。清军登上滩头后，立即遭到了明军的猛烈反击。沈世魁亲自率领精锐部队驻守滩头，依托预先构筑的防御工事，对登陆的清军展开了殊死搏杀。由于清军水师在突破海上防线后，与登陆部队出现了脱节，无法及时为登陆部队提供火力支援，导致登陆的清军陷入了孤立无援的境地。明军将士凭借高昂的士气，在滩头上与清军展开了惨烈的白刃战，将一批又一批的清军重新推下海去，清军的登陆作战再次遭遇重创，伤亡极为惨重。
因此，在第二阶段的前期，皮岛战局依然处于“坚守不能克”的胶着状态。总的来说，在正面强攻的情况下，明军能够在滩涂上集结大量兵力，借助防御工事的掩护，有效抵消掉清军的火力优势，将清军的进攻一次次挫败。四面环海的孤岛地形，对于明军而言，既是劣势，亦是优势。劣势在于防御面过广，兵力分散；优势则在于能够依托海洋天险，有效阻挡清军的进攻。而这一点，对于清军来说同样如此，四面环海意味着他们可以从多个方向对皮岛展开夹击，但同时也面临着海上作战和登陆作战的诸多困难。
时间一天天过去，双方的对峙已经持续了近两个月。清军虽然投入了大量的兵力和物资，却始终无法攻克皮岛，这让阿济格感到极为焦躁。他深知，若是再不能尽快拿下皮岛，不仅无法向皇太极交代，还会严重影响清军的士气。经过反复商议，在四月初五这一天，阿济格终于制定出了一套新的作战计划——分兵两路奇袭，一举攻克皮岛。
根据这套作战计划，清军将兵分两路：一路为奇袭部队，以八旗护军精锐为先锋