解除莱州之围后，朱大典乘胜追击，指挥明军相继收复了招远、黄县等失地，将残余的叛军死死包围在了登州城中。孔有德见明军攻势猛烈，登州城迟早会被攻破，心中恐惧万分，便率领残部从海路逃至辽东，投降了后金（后来的清朝）。至此，登州重新回到了大明的统治之下，山东的叛乱被彻底平定。
在这场平叛战争中，朱大典虽是文臣出身，从未亲身上阵杀敌，但他作为全军的统帅，调度有方，指挥得当，立下了赫赫战功。要知道，当时前线的明军来源复杂，有朝廷直接管辖的正规军，也有地方招募的乡勇，还有各地调来的援军，“有主有客”，成分混杂，将领的水平也参差不齐，相互之间缺乏配合，甚至存在矛盾。在这样复杂的情况下，朱大典能够在短时间内将这些队伍捏合在一起，协调各方力量，发挥出最大的战斗力，足以看出他卓越的军事才能与领导能力。