虽然冬季天气寒冷，无法种田，但在皇太子朱慈烺下令清查全国土地后，阎应元率先在昌平推行土地分配政策：将原来卫所的土地全部分给新兵，让他们在训练之余有田可种；将那些被处死的地主士绅的土地，分给无地的百姓。对于那些不服管教、反对土地改革的人，阎应元毫不手软，直接下令抄家问斩，以儆效尤。
通过清查土地和打击不法地主士绅，阎应元从卫所军官那里抄出了十几万两银子，从反对土地改革的地主士绅那里抄出了二十多万两银子。这些银子被存放在县衙的库房里，成为了六千新兵的军饷，以及救济百姓、改善民生的资金。如今的昌平，百姓有饭吃、有衣穿、有田种，士兵有军饷、有训练、有希望，整个地区呈现出一片欣欣向荣的景象。