尽管通惠河出现了淤塞问题，但通州的漕运依旧十分繁忙，甚至达到了盛极一时的状况。每年阴历三月初一，北直隶、河南和山东诸省的运粮船，就会沿着运河陆续抵达通州；到了四月，安徽的运粮船会到来；五月是南直隶；六月则是浙江、湖广，这种繁忙的景象会一直延续到十月，各省区的船帮都会按照规定的日子，准时抵达通州。
按照朝廷的规定，每一支船帮在通州只能逗留十天。由于时间紧迫，卸货任务繁重，再加上大量的商人、船工聚集在此，直接导致了通州城“城门夜不闭，灯火烂星光”的繁忙景象。
通州漕运的繁盛，也让孔希贵等一批负责漕运的官员大发横财。他们利用手中的权力，向商队收取高额的“管理费”，甚至暗中克扣粮食，中饱私囊。积累了大量财富后，孔希贵等人又开始在通州大肆购买土地，逐渐成为了通州的大地主。