当然，朱慈烺也清楚，大明的卫所体系遍布全国，如今只是改革京畿地区的卫所，便已触动了如此多的利益集团。至于那些远离京师的卫所，尤其是沈阳等地的卫所，虽然早已名存实亡、失去了实际作用，但目前护国军兵源紧张，若是贸然废除，还需分兵驻守，反而会分散兵力。因此，朱慈烺决定暂时搁置这些地区的卫所改革，待将来收复沈阳、护国军兵力充足后，再逐步推进全国范围内的卫所改革。
更长远的规划，朱慈烺也早已在心中盘算。待将来崇祯皇帝退位，自己登基之后，只会保留锦衣卫这一支亲军卫。皇宫与紫禁城的守卫工作，将全部交由护国军的精锐部队。威武营负责。毕竟，如今的亲军卫早已腐朽不堪，士兵战斗力低下，根本无法承担起守卫皇宫的重任。只有让训练有素、忠诚可靠的护国军负责皇宫守卫，才能确保皇权的安全。
就在朱慈烺紧锣密鼓地推进卫所改革之际，户部的官员们也在马不停蹄地奔赴京畿各地，为即将开展的土地清查工作做准备。土地清查是卫所改革的重要配套措施。只有摸清京畿地区的土地状况，才能将收回的卫所土地与兼并的土地合理分配，真正实现“耕者有其田”的目标。
经过与户部尚书程国祥等人的商议，朱慈烺决定将通州作为土地清查的第一站。通州地处京畿要地，既是护国军的重要基地，也是京畿地区土地兼并较为严重的区域之一。更重要的是，此次清军入关劫掠，通州因有护国军驻守，并未遭到战火波及，地方档案保存相对完整，便于清查工作的开展。
此次土地清查的依据，是户部存档的“皇册”。从洪武初年到永乐初年的土地登记记录。朱慈烺之所以选择这份跨度数十年的皇册，便是想弄清楚，从明太祖朱元璋时期到明成祖朱棣上位后，京畿地区的土地兼并究竟呈现出怎样的增长趋势，那些勋贵、士绅是如何一步步蚕食民田与卫所土地的。
为了尽可能减少改革阻力，朱慈烺还制定了一条重要原则：凡是拥有一百亩以下土地、且土地来源合法（有皇册记录或官方文书证明）的农户，其土地将保留不动