尽管明军最终全歼了入关的建奴，但自身也付出了不小的代价。京畿地区经此一役，几乎被建奴摧毁殆尽，房屋倒塌、田地荒芜，后续重建需要投入巨额钱财；军队方面，共有一万多明军将士伤亡，其中战死人数超过四千。这些战死的将士，大多来自勤王人马。他们本身战斗力有限，却在皇太子的激励下，为了守护大明疆土、保护百姓，不惜与凶悍的建奴死战不退，最终付出了惨痛的牺牲。
即便是卢象升麾下战斗力远超其他勤王人马的天雄军，在面对建奴的垂死挣扎时，也未能全身而退，共计伤亡一千多人，其中战死四百余人。相比之下，以火器作战为主、较少与建奴近战的护国军，伤亡则要小得多。黄德功率领的虎贲军，在全歼五千建奴的辉煌战绩下，仅战死两人，无人受伤；孙应元麾下的龙腾军，伤亡三百人，其中战死一百六十三人；张世泽统领的虎豹骑，伤亡八百人，战死两百三十人；周遇吉率领的威武营，仅有二十人受伤，无一人战死；夜不收大队在打探情报的过程中，频繁与建奴斥候遭遇，虽击杀建奴斥候两百多人，自身也付出了二十一人伤亡的代价，其中战死六人。
虽然明军伤亡不小，但能全歼入关的建奴，已是一场足以载入史册的大胜。要知道，前几次建奴入关，不仅导致大明军队大量伤亡，还被他们掳走数十万百姓，抢走无数钱粮物资，大明却始终未能对其造成实质性打击。而这一次，朱慈烺率领明军，不仅守住了京畿，还让建奴付出了全军覆没的代价，这无疑给濒临崩溃的大明注入了一剂强心针。
各支军队在拿到朱慈烺颁发的奖励后，不敢有丝毫耽搁，立即按照军功给麾下士兵分发奖赏。以往军中常见的克扣、拖欠军饷的现象，此次竟消失得无影无踪。所有将领都清楚，皇太子对士兵极为重视，若是敢在奖赏上动手脚，一旦被发现，后果不堪设想。
通州大营内，明军将士们拿到属于自己的银子后，顿时欢声雷动，“皇太子千岁” 的高呼声此起彼伏，响彻云霄。经过此次战役，朱慈烺在明军中的威望与口碑，已然达到了顶峰，成为了所有将士心中当之无愧的领袖。
第二天一早，朱慈烺准备率领部分军队返回京师。在离开通州之前，他特意召集各军主将召开了一次会议，对后续事宜做出安排：命令各路勤王人马暂时驻扎在通州，等待朝廷下旨加封后，再各自返回驻地；任命黄德功麾下的参将贺豹，率领部分虎贲军驻守通州，负责保护通州的粮库、银库以及被解救百姓的安全；孙应元麾