卫所兵理论上自给自足，但明中后期卫所屯田遭破坏，朝廷仍需供养庞大军队，加之武官冗滥和严重的贪污、冒领军饷，国家财政不堪重负。
由于军户地位低下，负担沉重，以及南北轮戍导致的水土不服，士兵大量逃亡，用来补缺的勾军制度又扰民严重，形成恶性循环，导致卫所严重缺员。
军官的腐败严重，他们克扣军饷，倒卖军械，并将士兵当作私人奴仆使用，进一步加剧了士兵逃亡。
最让茅元仪非常头疼的是，指挥体系混乱，五军都督府与兵部相互制衡的设计，演变为权责不清，效率低下的官僚内耗。
他们管理混乱，不仅体现在朝廷中央层面，还体现在中下层官，比如说，一个卫所兵出身的小旗，朝廷标配是正七品，一个管理一百一十二人的百户，是正六品。
一个管理一千一百二十人的千户，却是正五品，这样的高配，在边军体系中，也非常混乱。
比如说，一个管理五十人的哨长，职级仅相当于正八品，三百人的把总才正七品，与总旗相当，一个管理千人规模的千总，才与百户级别相当，正六品。
这种混乱就是，在战场上，谁听谁的？
袁飞想要改革的袁家军制度，是因为营级单位太多了，镇奴军水陆共计二十六个营，但问题是，他只是一个人，在营以上，没有其他编制。
在大明，一个营的军官有可能是正六品千总，有可能是正五品守备，也有可能是正四品游击将军，也有可能是正三品参将。
袁飞其实是借鉴现代军政与建设管理，与指挥作战分离的思路，理顺指挥体系，镇奴军二十六营是战兵体系，他们没有防区，负责野战作战。
更为关键的是，大明的后勤管理实在太糟糕了，他准备是打造一支正规野战军，正规职业化军队，同时，建立独立、权威的监察体系，严惩腐败，确保军法执行。
袁飞看着茅元仪，从案几上拿起一张草纸，铺开，提起炭笔，一边画一边说。
“止生，你方才说的那些卫所积弊，本帅都清楚。军户世袭、屯田废弛、军饷贪污、指挥混乱，归根结底只有四个字……体制陈旧。”
“咱们现在基本上打赢建奴，这就够了吗？不这只是开始，你也非常清楚，西洋人远跨万里，已经来到了咱们大明，他们占领了咱们大明大员、吕宋、还有安南等不少地方！”
“咱们守住这片家业，光靠换几个将领、发几道严令是不够的，得从根子上