诸如土司势力与中枢博弈、族群矛盾与社会失序、中枢治理的局限性等等因素；
面对持续的动荡，明朝在西南建立了一套严密的防御网络——寨堡体系，这是从中央到地方、从军事到民间的多层防御，
护城寨拱卫城池，改变单城孤立无援的局面，构建纵深防线，
驿堡保障交通，保护驿道通畅，确保政令军情通达，
分治寨堡延伸管理，驻扎州同、巡检等官员，就近管理，填补州县管控空白，
屯堡亦兵亦农，军士屯田驻守，既减轻国家粮饷负担，又构成基层控制节点；
寨堡体系是朝廷对西南之地的一场持续数百年的社会整合与民族交融。
表面平静之下暗流汹涌，成本高昂且脆弱的动态平衡。
大规模的平叛战争（如播州之乱、奢安之乱）每隔数十年便会爆发，消耗着帝国的元气。
至于说为什么会时不时的爆发叛乱主要有四点原因，一是制度上的矛盾，改土归流和土司世袭的对抗，这是最核心的冲突。
不是所有土司都像湘西的永顺宣慰司和保靖宣慰司这个土司，这两个土司几乎参与了大明每一次重大的军事行动，
从东南沿海抗倭的如王江泾大捷，到万历三大征，再到辽东战场对抗后金，都有其土兵的身影，这两个土司的队伍被号为虓雄。
朝廷希望逐步取消土司自治，改派流官，这是最能直接控制当地的方法，可这直接动了土司的利益。
播州杨应龙的叛乱和奢安之乱，本质上都是土司为保家族领地而进行的殊死反抗。
第二是人性的贪婪，一是官吏常以改流为名勒索土司，因为土司要承袭职位需要朝廷申请，不向地方官行贿，申请就送不到朝廷，因此有二三十年没有承袭的。
二是土司的野心，如安邦彦就想当罗甸大王。
第三，明军的腐败与低效，大明中后期，卫所军队战斗力下降，面对擅长山地作战的土司兵常常失利。
彻底平定奢安之乱之所以用了十七年，除了地形复杂外，就是战力不行，给了土司希望。
这第三点才是最为主要的，所有有野心的土司都想搏一搏，但现在的情况不一样了，自皇帝登基后练兵强军，发展火器等等，
先后覆灭察哈尔林丹汗、收复东西蒙古、建奴犁庭扫穴、打残扶桑、镇压中南半岛、重新将乌斯藏、西域收入大明疆域之中