乐伊丹婆无奈之下只得对以卫九州为首的遗民们发动战争，史称“肃清战争”。
肃清战争打了20年，清除了大部分异端，异端首领卫九州在走投无路之际，利用AI叛乱时期遗留下来的太空飞船将部分异端基因运往太空，这部分逃走的异端基因被后世称为“秃猿”。
肃清战争胜利后，人类迎来了前所未有的大一统时代，所有的人类都接受光荣进化，都归于母皇乐伊丹婆的意志，人类之间再也没有了互相残杀，没有了阶级矛盾，所有的人类都是母皇的子民，母皇于世间降下慈悲。
人们不再因自己的国籍、肤色、种姓而产生矛盾。
所有的种族--不论是原种，环节种，鳞翅种，寄生种，这四种主流种氏，还是节肢种，软体种，有壳种等等小众种氏，所有人都在母皇的统治下和谐共处。
人们将地球这个历史称呼重新取名，改名为“原初母巢”，母星改名标志着人类彻底迈入新时代。
此后母皇专心繁育后代，改良后代的进化参数，肃清战争胜利后的第188年，人类向星海进发，将一个又一个星球改造为自己的巢窠。
在向星海进发的伟大征途中，人类遇见了不计其数的外星种族，为了击败外星敌人，加强社会凝聚力，人类将自己的种族名称改称为虫族，以虫族之名征伐星际。
虫族九大军团也在这个时期诞生，九大军团日夜出征，碾碎所有拦路的敌人，为虫族带来无数的资源、领土、荣耀。
在征伐鼎盛时期，母皇乐伊丹婆的寿限却已经到来。