四大部门，指的是四天王旗下的行政管理部、特殊行动部、科学技术部、情报侦察部四大部门。
其中行政管理部下设通讯、后勤、财务、医疗救援、人事、训练与教育、数据处理科等机构。
特殊行动部下设秘密行动、安保行动、间谍行动、暗杀行动等机构。
情报侦查部下设情报、反情报、宝可梦控制、神兽情报搜集、情报分析与评价等。
科学技术部原称科学研究部，情报保密，部门保密，一切保密。
四大部门中权力最大的自然是特殊行动部与情报侦察部。特殊行动部门负责处理一些复杂特殊事件，经常参与一线战斗，因此部门职员的人数较多，全员皆兵，实力普遍较强。